جوانترین استاد خلبان و سرلشکر نیروی هوایی ارتش در سال ۱۳۵۹ پس از اجکت از هواپیمایی که مورد اصابت موشک قرار گرفته بود به اسارت مزدوران عراقی درآمد و به دستور صدام به بیرحمانهترین حالت با دونیم کردن پیکرش به فیض شهادت نائل آمد.
سرگرد اقبالى در ۱ آبان ۱۳۵۹ در یک ماموریت برونمرزی به عنوان لیدر با هدف بمباران یکی از سایتهای رادار شهر موصل اعزام شد. دو فروند هواپیمای اف-۵ پس از رسیدن به منطقه و عدم مشاهده هدف نخست، برای بمباران پادگان العقره در حوالی پایگاه هوایی کرکوک به عنوان هدف دوم، تغییر مسیر دادند. پس از بمباران این پادگان، در راه بازگشت، هواپیمای وى مورد اصابت موشک قرار گرفت و در ۳۰ کیلومتری شرق موصل پس از اجکت، سقوط کرد.
پس از سقوط هواپیمای وی و دستگیری استاد خلبان ٣١ ساله در عراق، صدام حسین دستور داد بدنش را به دو نیم کرده، نیمی را در گورستان محافظیه شهر نینوا و نیمه دیگر آن را در قبرستان زبیر شهر موصل به خاک سپرده شود.
پس از ۲۲ سال و با پیگیری کمیته جستجوی اسرا و مفقودین و کمیته بینالمللی صلیب سرخ، در پنجم مرداد سال ۸۱، بازمانده پیکر سید علی اقبالی دوگاهه به ایران بازگشت و در قطعه شهدای جنگ ایران و عراق در بهشت زهرا به خاک سپرده شد.